Widoczny na fotografiach kościół powstał w 1820 roku w miejscu poprzedniej świątyni, spalonej w 1813 roku przez wycofujących się z Gdańska Francuzów. Jego budowa rozpoczęła się w 1820r, dzięki wsparciu finansowemu Fryderyka Wilhelma III, i trwała do 1823. Projektantem był jeden z ważniejszych pruskich architektów – Karl Friedrich Schinkel. Podczas II wojny światowej kościół został uszkodzony. Ucierpiał dach, wieża i okna kościelne. 28 maja 1945 kościół został zajęty przez katolików. Ówczesny rzymskokatolicki biskup gdański Karol Maria Splett przydzielił kościół salezjanom, m.in. w celu prowadzenia działalności opiekuńczo-wychowawczej dla młodzieży.
Od 1691 do lat 60. XX wieku obok kościoła istniał ewangelicki cmentarz oruński, zamieniony następnie na park.